Im Jahr 1979 wurden in Immenstadt und Sonthofen unter kommunaler Trägerschaft Musikschulen ins Leben gerufen, die sich aus den kleinen Anfängen zu stattlichen Musikschulen entwickelten. Im Jahr 1990 wurden an beiden Schulen ca. 300 Jahreswochenstunden in nahezu allen Instrumentalfächern unterrichtet.
1991 entschloss sich die Gemeinde Oberstaufen zu einer Zusammenarbeit mit der Stadt Immenstadt und die Zweigstelle Oberstaufen nahm ihre Arbeit auf, an der ca. 70 Jahreswochenstunden unterrichtet wurden – bedarfsorientiert wurden die Lehrkräfte aus Immenstadt dort mit eingesetzt.
Durch die finanziellen Belastungen der Kommunen wurde es immer schwieriger, den Bestand der kommunalen Musikschulen zu sichern – so entschlossen sich im Jahr 2004 die Städte Sonthofen und Immenstadt und die Gemeinde Oberstaufen, die Musikschulen zu fusionieren und als Verein fortzuführen. Die Musikschule Oberallgäu–Süd e.V. wurde im Juli 2005 gegründet. Seit 01.09.2005 führt die Musikschule Oberallgäu-Süd e.V. die Arbeit der bis dahin kommunalen Musikschulen fort.
Noch im November des gleichen Jahres entschied der Gemeinderat von Blaichach, dem Verein beizutreten, um den Schülerinnen und Schülern des Gemeindegebietes die Chance auf musikalische Bildung zu gewährleisten.
2009 entschloss sich auch die Gemeinde Waltenhofen dazu, dem Musikschulverein beizutreten, sodass seit 01.09.2009 dort die musikalische Ausbildung der Schülerinnen und Schüler aufgenommen werden konnte.
Im Frühjahr des Jahres 2010 fiel im Gemeinderat von Missen-Wilhams die Entscheidung, der Musikschule Oberallgäu-Süd e.V. beizutreten. Die Mitgliederversammlung nahm die Gemeinde Missen-Wilhams im Juli 2010 durch einstimmigen Beschluss in den Verein auf, daher konnte die Arbeit bereits am 01.09.2010 begonnen werden.
Es wird jetzt in Sonthofen, Altstädten, Immenstadt, Oberstaufen, Stein, Thalkirchdorf und Waltenhofen unterrichtet und nahezu alle Lehrkräfte können im gesamten Vereinsgebiet eingesetzt werden. Seit einigen Jahren arbeitet die Musikschule Oberallgäu-Süd e.V. auch in Kooperationen mit den Grundschulen in Sonthofen, seit 2011 auch in Stein bei Immenstadt und an der Albert-Schweitzer-Schule in Sonthofen. Das Bläserklassen-Projekt in der Mittelschule in Sonthofen wurde vom dortigen Schulleiter Gogl sehr gelobt und fand bei den Schülerinnen und Schülern großen Zuspruch. Dieses Projekt wird momentan leider nicht mehr angeboten.
Anfang des Jahres 2024 fiel auch im Gemeinderat des Marktes Bad Hindelang die Entscheidung, dem Musikschulverein beizutreten. Die Mitgliederversammlung stimmte diesem Antrag zu, so dass der Markt Bad Hindelang ab dem 01.09.2024 im Musikschulverein Mitglied ist.
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